отключить проверку диска при загрузке можно с помощью утилиты chkntfs (ключ /x)

Для этого откройте командную строку с правами администратора и наберите команду:

chkntfs /x d: e:

эта команда исключит диски D: и E: из процедуры автоматической проверки диска при загрузке



Источник:

http://winitpro.ru/index.php/2010/10/19/kak-otklyuchit-proverku-diska-chkdsk-pri-zagruzke-v-windows/